合法饲养程序包括以下步骤：
养殖场备案登记
向当地农业行政部门申请备案，满足一定规模要求。
提交备案申请、资料审查、核查备案、备案公告等流程。
养殖档案建立
包括畜禽品种、数量、种苗来源和进出栏记录、饲料药物名称、类型等。
依法建立养殖档案，以便日后检查时有据可依。
动物防疫条件合格证
开办动物饲养场等需经兽医管理部门审查，符合动物疫病预防、控制、扑灭等条件后颁发。
办理步骤包括提交申请书、场地建构图、设备清单、工作人员详细情况并配照片等。
经营许可证
持有动物防疫条件合格证后，可申请办理工商登记注册手续，领取营业执照。
特种养殖需先通过省级畜牧行政主管部门审核，再报农业部门核定。
环评手续
养殖场必须通过环境影响评价，获得排污许可资质证书。
环评手续需到环保局办理，且是后期申请其他证件审批的必备材料。
工商登记
具备上述证件后，养殖户可携带相关材料向工商局申请工商登记，办理营业执照。
备案手续
取得营业执照后，需到畜牧局办理养殖场备案登记手续。
特定养殖许可
-如涉及养殖野生动物，还需申请并获得驯养繁殖许可凭证。
遵守法律法规
了解并遵守《野生动物保护法》等相关法律法规，确保合法合规饲养。
建议：
养殖户应详细了解当地政策和法规，确保所有手续和证件齐全。
在整个过程中，与相关部门保持良好沟通，及时解决可能出现的问题。