程序被覆盖的原因可能有多种，以下是一些常见的情况：
软件更新或重新安装
当用户安装新版本的软件时，新版本可能会覆盖旧版本。这通常是因为新版本被设计为替换旧版本，而不是与旧版本共存。
覆盖安装
在进行覆盖安装时，如果原程序正在运行，新程序可能无法完全覆盖原程序的文件，导致原程序的部分或全部功能仍然可用。
恶意软件或病毒
屏幕覆盖可能是由于恶意软件或病毒（如木马）导致的。这些程序可能会修改或替换系统文件，从而覆盖原有程序。
文件修改未保存
在计算机操作中，如果文件被修改但没有保存成新文件而是直接保存，原文件将被覆盖。
安装包签名问题
盗版应用可能会修改安装包内容但不破坏签名，导致签名验证通过，从而覆盖安装。
版本冲突
如果两个程序在同一目录下存在版本冲突，可能会导致一个程序覆盖另一个程序。
数据覆盖
在数据库操作中，新的数据可能会覆盖原有的数据，这通常发生在更新、插入或导入数据时。
建议
检查最近安装的软件：回顾最近是否安装了新的软件或更新了现有软件，如果有，尝试卸载后重新安装。
运行安全扫描：使用安全软件扫描系统，确保没有恶意软件或病毒。
检查系统还原点：如果怀疑程序被恶意软件覆盖，可以尝试恢复到之前的安全还原点。
检查文件备份：定期备份重要文件，以防万一文件被覆盖。
通过以上步骤，可以有效地诊断和解决程序被覆盖的问题。