病毒程序判别主要基于以下两个方面：
病毒特征库和规则库：
利用专家们研究计算机病毒所得的知识和经验构造而成的规则库，以及已知病毒的档案库，通过正向不精确的推理机制来鉴别某一程序是否染毒。这种方法不仅克服了传统检测技术误检测率高的缺点，而且适合于鉴别病毒变种，对判定将来出现的病毒也有一定作用。
病毒判定专家系统：
通过模拟专家工作，对特定的病毒种类进行判定。该系统的基本原理包括病毒不可判定原理和智能判定原理。病毒不可判定原理指出，从体系结构上认识到病毒的不可判定性，但在特定的机器上，运行特定的操作系统，绝大部分流行的计算机病毒都是可以判定的。智能判定原理则认为，判定某个程序是否是病毒，仅需判定它是否具有传染性。
综上所述，病毒程序的判别主要依赖于专家系统建立的病毒特征和规则库，以及通过模拟专家工作来识别病毒的智能判定方法。