部队离婚的程序主要分为协议离婚和诉讼离婚两种情况，具体程序如下：
协议离婚
双方均为现役军人：
由当事人所在单位领导或政治机关进行调解。
调解无效且符合离婚条件的，由政治机关出具证明后，双方可以到婚姻登记机关申请离婚或向法院提出离婚诉讼。
军人一方要求离婚，配偶为地方人员：
由军人所在部队政治机关领导进行调解。
调解无效且符合离婚条件的，并经对方同意，政治机关方可出具证明同意离婚。若军人一方坚持离婚而对方不同意，部队可商请对方所在单位或地方有关部门进行调解，调解无效的，则由政治机关出具证明，并由当事人向法院提出离婚诉讼。
双方均为地方人员：
双方需准备离婚协议，明确双方自愿离婚及对子女抚养、财产和债务等事项的协商一致意见。
双方需亲自到民政局申请离婚登记，并经历冷静期。
冷静期满后，双方再次亲自到民政局申请领离婚证，完成离婚手续。
诉讼离婚
双方均为现役军人：
由当事人所在单位领导或政治机关进行调解。
调解无效且符合离婚条件的，由政治机关出具证明后，方可向法院提出离婚诉讼。
军人一方要求离婚，配偶为地方人员：
军人所在部队政治机关领导应当视情况进行调解，符合离婚条件，并经对方同意，政治机关方可出具同意现役军人离婚的证明。
如军人一方坚持离婚，对方坚决不同意离婚的，部队可商请对方所在单位或地方有关部门进行调解，调解无效的，政治机关出具调解状况的证明，由当事人向法院提出离婚诉讼。
非军人一方要求离婚：
配偶是地方人员，配偶一方要求离婚，军人一方同意离婚的，政治机关可出具证明同意离婚。
军人一方不同意离婚的，政治机关不得出具证明，但经政治机关查实军人一方确有重大过错的除外。
建议
协议离婚：双方需先进行调解，调解无效且符合离婚条件的，由政治机关出具证明后，再到婚姻登记机关办理离婚手续。
诉讼离婚：若调解无效或一方不同意离婚，需向法院提起诉讼，并提供相关证据和材料。
在整个过程中，部队申请离婚的审批程序、权限与申请结婚的相同，且需双方签字或提供书面意见。