小程序编程主要使用以下三种程序：
JavaScript：
JavaScript是一种常见的脚本语言，广泛应用于Web开发中。在小程序开发中，JavaScript主要用于编写业务逻辑部分，包括页面跳转、数据处理、网络请求等功能。通过编写JavaScript代码，可以处理用户的交互行为，实现页面与数据的交互。
WXML：
WXML是微信小程序提供的两种专有的标记语言之一（另一种是WXSS）。WXML主要用于描述UI结构，类似于HTML，但具有更多针对小程序的特性。通过WXML，开发者可以定义页面元素、属性和样式。
WXSS：
WXSS也是微信小程序提供的两种专有的标记语言之一，用于描述页面的样式。WXSS类似于CSS，但具有更多针对小程序的特性，包括尺寸单位rpx等。通过WXSS，开发者可以控制小程序的外观，包括布局、颜色和字体等，从而提升用户的视觉体验。
开发小程序时，通常需要配合使用微信开发者工具进行开发、调试和发布。微信开发者工具是官方提供的一款集成了开发、测试、调试等功能的软件，支持多种操作系统，包括Windows、MacOS和Linux。它提供了代码编辑、界面设计、实时预览、调试器、模拟器等功能，是开发小程序的必备工具。
此外，开发者还可以使用其他一些常用的编程软件和IDE，如Visual Studio Code、Sublime Text、Atom等，这些软件都支持JavaScript、HTML和CSS，并通过安装相关插件来支持小程序开发。
建议
首选工具：对于大多数开发者来说，微信开发者工具是首选，因为它提供了全面的开发、调试和发布功能，并且与微信平台紧密集成。
备选工具：如果需要更高效的代码编辑和调试，可以考虑使用Visual Studio Code、Sublime Text或Atom等流行的IDE，并通过安装相关插件来支持小程序开发。
第三方工具：还有一些第三方工具如FinClip Studio，可以提供小程序的AI编程能力和容器技术，适合特定需求或特定平台的小程序开发。