渔业港口建设程序一般包括以下步骤：
立项阶段
水下地形测量：作为报批工作的基础。
地质勘察：确定工程地质条件。
环境影响评价：环保部门的批复依据，报省环保局。
防洪论证：水利部门的报批基础工作，报省水利厅。
评估咨询：水利厅的批复依据。
工程可行性研究报告：报航道局、港务局、水利、渔业等部门，作为批复依据。
立项申请：获得相关部门批复后，报发改委申请立项。
设计阶段
初步设计：根据工程可行性研究报告编制。
施工图设计：根据批准的初步设计编制。
工程实施阶段
施工前准备：包括海事部门通航安全论证、航道部门码头前沿线批文等。
施工招标：选择施工单位并准备施工。
施工实施：根据批准的施工图设计进行施工。
竣工验收阶段
竣工验收材料编制：工程完工后编制相关验收材料。
竣工验收准备：进行工程竣工验收的各项准备工作。
组织竣工验收：港口行政管理部门按权限组织竣工验收。
此外，还需注意以下事项：
建设单位需为依照法定程序成立的法人或其他组织，持有经相关主管部门审定核准的有关渔港建设项目书。
办理材料包括检验原件等，具体流程可能包括网上办理或窗口办理。
项目的预审和审批需按照相关规定进行，包括向市港口局申报、省级交通主管部门备案等步骤。
这些步骤和注意事项确保了渔业港口建设的合法性、科学性和规范性。