公安机关立案的程序主要包括以下几个步骤：
立案程序
制作询问笔录：对于扭送、报案、控告、举报或者违法犯罪嫌疑人自动投案的，都应当立即接受，问明情况，并制作笔录。
接受材料：对扭送人、报案人、控告人、举报人、自动投案人提供的有关证据材料、物品等应当当场登记，并制作《接受证据材料清单》，必要时，应当拍照或者录音、录像。
制作《受案登记表》：接受案件的民警应当当场制作《受案登记表》，连同其他受案材料，报本单位领导审批。《受案登记表》一式二份，一份由受案单位留存，一份随案附卷。
制作《受案回执》：接受案件的民警应当当场制作《受案回执》一式二份，说明查询案件进展情况的方式和途径，加盖受案单位印章，一份交扭送人、报案人、控告人、举报人，一份由扭送人、报案人、控告人、举报人签名、捺指印后随案附卷。
受案与初步审查
报案：当发现犯罪事实或嫌疑人时，受害者、目击者或其他知情人士可以向公安机关报案。报案可以通过报警电话、前往派出所等方式进行，并提供案件的基本信息。
受案登记：公安机关接到报案后，会立即进行受案登记，并制作《受案回执》。
初步审查：公安机关需要在规定时间内（通常为3日内）对报案材料进行初步审查，判断是否符合立案条件。
立案决定
立案条件：如果公安机关认为案件存在犯罪事实且需要追究刑事责任，且案件属于其管辖范围，则会作出立案决定，并制作《立案决定书》。
不予立案：如果公安机关认为没有犯罪事实，或者犯罪事实显著轻微不需要追究刑事责任，或者具有其他依法不追究刑事责任的情形，则不予立案，并制作《不予立案通知书》，在三日内送达报案人。
后续处理
侦查阶段：一旦决定立案，公安机关将正式进入侦查阶段，开始收集证据、讯问犯罪嫌疑人、询问证人等。
刑事拘留及看守所阶段：证据确凿、可能判处徒刑的嫌疑人，需采取刑事拘留。刑拘决定经批准，制作《拘留证》。被刑拘后，24小时内送看守所羁押。
侦查终结及移送审查起诉阶段：案件侦查结束，制作《起诉意见书》，移送检察院审查。检察院退回补充侦查，以两次为限，每次一个月内完成。
其他相关程序
管辖争议：对管辖不明确或者有争议的刑事案件，可以由有关公安机关协商。协商不成的，由共同的上级公安机关指定管辖。
费用：在整个立案过程中，公安机关不会收取任何费用。
以上是公安机关立案的主要程序，每个步骤都有明确的法律规定和操作要求，以确保案件处理的合法性和有效性。