名侦探柯南中黑衣组织出场的集数如下：
1. 第1集《云霄飞车杀人事件》
2. 第54集《电玩公司杀人事件》
3. 第118集《浪花连续杀人事件》
4. 第128集《黑衣组织十亿元抢劫事件》（部分情节为动画原创）
5. 第129集《来自黑衣组织的女子大学教授杀人事件》
6. 第176集《与黑衣组织的再会》（灰原篇）
7. 第177集《与黑衣组织的再会》（柯南篇）
8. 第178集《与黑衣组织的再会》（解决篇）
9. 第230集《神秘的乘客》（前篇）
10. 第231集《神秘的乘客》（后篇）
11. 第271集《急忙掩饰的忽略》（前篇）
12. 第272集《急忙掩饰的忽略》（后篇）
13. 第286集《工藤新一纽约事件》（事件篇）
14. 第288集《工藤新一纽约事件》（解决篇）
15. 第289集《光彦森林迷失记》（前篇）
16. 第290集《光彦森林迷失记》（后篇）
17. 第307集《遗留的无声证言》（前篇）
18. 第308集《遗留的无声证言》（后篇）
19. 第309集《与黑衣组织的接触》（交涉篇）
20. 第310集《与黑衣组织的接触》（追迹篇）
21. 第311集《与黑衣组织的接触》（决死篇）
22. 第338集《四辆保时捷》（前篇）
23. 第339集《四辆保时捷》（后篇）
24. 第340集《厕所里隐藏的秘密》（前篇）
25. 第341集《厕所里隐藏的秘密》（后篇）
26. 第345集《与黑衣组织的直面对决满月之夜的双重谜案》
27. 第425集《黑暗冲击!》
建议观看时，可以重点关注这些集数，以深入了解黑衣组织的情节和成员。