根据提供的信息，商家码不能使用红包可能的原因包括：
涉嫌违规操作：
如果商家使用红包进行套现等违规操作，可能会被支付宝的风控系统查封，导致红包功能受限。
收款功能未开通：
商家需要确保开通了花呗收款功能，否则消费者使用花呗红包时无法抵扣。
红包使用范围限制：
支付宝红包可能有特定的使用范围，例如“外卖红包”和“通用红包”，使用不当会导致红包功能受限。
支付宝系统自动限制：
如果商家收款码被系统检测到异常行为，如夜间或异地扫码，可能会被暂时限制使用红包功能。
恢复方法可能包括：
暂时停止使用红包邀请码和口令红包邀请。
注意收款码的正常使用时间和地点，避免异常行为。
保持良好的使用习惯，一段时间后系统可能自动恢复红包抵扣功能。