威廉·配第的主要思想包括以下几点：
劳动价值论：
配第是最早提出劳动决定价值原理的经济学家之一。他认为，商品的价值是由生产该商品所花费的劳动量决定的。他区分了自然价格和市场价格，自然价格相当于价值，即生产一蒲式耳小麦所用劳动时间和从秘鲁银矿中生产一盎司白银并运到伦敦所需劳动时间相等，后者便是前者的自然价格。
分配论：
配第认为，工资是劳动的价值，利息是资本的价值，地租是土地的价值。他进一步指出，工资、利息和地租是社会财富的三个主要来源，并且它们的数量应该保持一个合理的比例。
生产论：
配第的生产论的核心是他的生产力理论，认为生产力的提高是社会财富增长的主要来源，而生产力的提高又取决于人们的劳动技能、资源配置和自然条件等因素。因此，他主张通过改善生产技术、提高劳动生产率来增加社会财富。
货币理论：
配第的货币理论是建立在他的价值论和生产论基础上的。他认为，货币是一种交换媒介，它的价值是由它所能购买的商品的价值决定的。因此，他主张实行固定汇率制度，以避免汇率波动对经济造成不利影响。
税收理论：
在《赋税论》中，配第提出了税收应遵循的“公平、确定、简便、节省”四条标准，并深入分析了英国的税制和财政问题。他认为，国民财富的增减是赋税经济效果的主要标志。他主张政府可以通过税收指导人们去创办新的生产事业，增加社会财富。
政治算术：
配第在《政治算术》中运用数量方法对比分析了英、法、荷三国的国情国力，为英国社会经济发展提供了决策依据。他通过实际资料，运用数字、重量和尺度等统计方法对经济现象进行了系统的数量对比分析，从而为统计学的形成和发展奠定了方法论基础。
总结来说，威廉·配第的主要思想集中在劳动价值论、分配论、生产论、货币理论和税收理论等方面，他通过这些理论为古典政治经济学的发展奠定了基础，并影响了后来的经济学家。