水利基金的计税依据主要有以下几种：
营业收入：
水利建设基金的计税依据也可以是企业的营业收入，具体比例各省市不同，如湖南省为0.06%，浙江省为0.01%。
增值税和消费税：
自2022年1月1日起，水利建设基金的计税依据为纳税人依法实际缴纳的增值税和消费税税额。具体费率为2022年1%，2023年起为0.5%。计税依据不包括因进口货物或境外单位和个人向境内销售劳务、服务、无形资产缴纳的税额，且需扣除直接减免的税额和期末留抵退税退还的增值税税额。
不含税收入：
水利建设基金计税依据还可以是不含税收入，具体征收比例各省市不同，如湖南省为0.06%，浙江省为0.01%。
政府性基金提取：
水利建设基金还可以从地方收取的政府性基金（收费、附加）中提取3%。
综上所述，水利基金的计税依据可能是营业收入、增值税和消费税的实际缴纳额，或者是不含税收入，具体征收比例和依据需要参照各省市的相关规定。