《查理九世》被下架的原因主要是因为其内容被认为恐怖、血腥，不适合儿童阅读。以下是具体原因：
家长投诉：
许多家长认为书中包含的恐怖和血腥内容不适合孩子阅读，担心孩子阅读后会产生不良影响。
学校禁止：
不少学校也明令禁止学生阅读《查理九世》，进一步加剧了书籍下架的呼声。
模仿事件：
2012年10月，浙江省奉化市一名12岁学生疑似模仿《查理九世》中的情节，在家中上吊自杀，这起事件使得家长和社会对书籍的关注度提高，并导致书籍被下架。
内容审查：
在家长和社会的强烈反应下，有关部门对书籍内容进行了审查，并确认其不适合儿童阅读，最终作出下架决定。
书籍改版：
在书籍下架后，《查理九世》经过改动，删除了部分悬疑和血腥情节，并改名为《墨多多谜境冒险》重新上架，但已不再包含原有的冒险和推理元素。
这些因素综合作用，导致了《查理九世》被下架的命运