焖烧杯虽然具有保温和便捷性，但也存在一些潜在害处：
食物滋生细菌：
焖烧杯中适宜的温度和湿度容易滋生细菌，尤其是熟食长时间放置会导致细菌滋生，可能引起胃肠道功能失调。
不能保证将食物煮熟：
焖烧杯内的温度通常只能达到65度左右，对于某些需要高温煮熟的食材（如豆角、肉类等）可能无法完全煮熟，存在食品安全隐患。
维生素损失较多：
长时间焖煮会导致食物中的B族维生素等水溶性维生素损失较多，尤其是小米等质地较硬的食材，浸泡时间越长，维生素损失越多。
食物口感变差：
焖烧杯密封性较强，长时间焖煮会使食物变得过于软烂，影响口感。
卫生问题：
使用焖烧杯时需要保持其内部的清洁度，否则可能滋生细菌和霉菌等有害物质。
不适合所有食物：
并非所有食物都适合用焖烧杯来烹饪，有些食物可能会因为焖烧杯的高温环境而变得不新鲜或变质。
保温效果过好导致过熟：
焖烧杯的保温效果太好，可能导致食物过熟，影响口感。
难以掌控烹饪程度：
焖烧杯在闷烧过程中难以掌控食物的烹饪程度，如果没闷烧好就打开盖子，热气涌出，后续闷烧很难持续进行，有时可能导致食物夹生。
综上所述，焖烧杯在使用时需要注意食物的烹饪时间和卫生情况，以确保食品安全和营养保留。对于某些特定食物（如需要高温煮熟的肉类、某些蔬菜等），可能需要其他烹饪方式来确保完全煮熟。