城市管理中贯彻落实科学发展观的难点主要包括以下几点：
观念转变
转变传统的以GDP增长为核心的发展观念，强调全面、协调、可持续的发展。
克服只重视经济增长而忽视环境保护、社会公平和城乡发展平衡的错误观念。
应对挑战
面对人口三大高峰（总量、就业、老龄人口高峰）的压力。
解决能源和自然资源的超常规利用问题。
应对生态环境恶化的挑战，推进生态环境的恢复和改善。
应对城市化战略带来的压力，合理规划城市空间布局。
缩小区域间发展差距，解决“三农”问题，促进城乡一体化。
加强国家可持续发展能力和国际竞争力的培育。
执法与人文关怀
城管部门在执法过程中应尊重劳动者的生活和生存权利，保障他们的自由。
正确行使人民赋予的权力，为人民服务，不能只顾权力而忽视群众的实际需要。
在执行任务时，城管部门应文明执法，规范法律程序，同时体现柔情操作，对困难群体提供帮助。
以上难点需要通过不断的实践、政策调整和社会各方面的共同努力来克服。