小智在《精灵宝可梦》系列动画中收集和使用的神奇宝贝包括：
1. 皮卡丘 - 小智最初的伙伴，属性是电气，特性是静电。
2. 绿毛虫 - 小智真正意义上收服的第一只宝可梦，后进化为铁甲蛹和巴大蝶。
3. 比比鸟 - 小智通过战斗收服的第一只宝可梦，后进化为比比雕。
4. 妙蛙种子 - 小智在第十话中得到的神奇宝贝，属性是草加毒，特性是茂盛。
5. 小火龙 - 小智在第十六话中救下的小火龙，属性是火炎加飞行，特性是猛火。
6. 杰尼龟 - 小智的宝可梦之一。
7. 大钳蟹 - 小智的宝可梦之一。
8. 鬼斯通 - 小智的宝可梦之一。
9. 火暴猴 - 小智的宝可梦之一。
10. 臭臭泥 - 小智的宝可梦之一，以其柔软的身体著称。
11. 肯泰罗 - 小智的宝可梦之一。
12. 乘龙 - 小智的宝可梦之一。
13. 卡比兽 - 小智的宝可梦之一。
14. 赫拉克罗斯 - 小智的宝可梦之一。
15. 菊草叶 - 小智的宝可梦之一。
16. 火球鼠 - 小智的宝可梦之一。
17. 小锯鳄 - 小智的宝可梦之一。
18. 猫头夜鹰 - 小智的宝可梦之一。
19. 小小象 - 小智的宝可梦之一。
20. 由基拉 - 小智的宝可梦之一。
21. 傲骨燕 - 小智的宝可梦之一。
22. 木守宫 - 小智的宝可梦之一。
23. 龙虾小兵 - 小智的宝可梦之一。
24. 煤炭龟 - 小智的宝可梦之一。
25. 雪童子 - 小智的宝可梦之一。
26. 长尾猴 - 小智的宝可梦之一。
27. 胖胖翁 - 小智的宝可梦之一。
28. 树苗龟 - 小智的宝可梦之一。
29. 叉尾浮鼬 - 小智的宝可梦之一。
30. 小火猴 - 小智的宝可梦之一。
31. 天蝎 - 小智的宝可梦之一。
以上是根据提供的信息整理出的小智在《精灵宝可梦》中的一些神奇宝贝。请注意，这个列表可能不全面，因为《精灵宝可梦》系列中可能还有其他小智的神奇宝贝未在参考信息中提及