船东单和货代单在国际贸易和海运领域中存在明显的区别，主要体现在以下几个方面：
签发的主体不同
船东单（Master Bill of Lading，简称MBL）：由船公司签发，是货物已装船的凭证，具有物权凭证性质，可以直接向船公司提货。
货代单（House Bill of Lading，简称HBL）：由货代公司签发，基于船东单，用于货运代理与发货人之间的货物交接和运输安排，本身不具备直接提货的权利。
抬头不同
船东单：以船公司为抬头。
货代单：以货代名称为抬头。
目的港收货方式不同
船东单：持有者可以直接向船公司提货，手续简单快捷。
货代单：持有者必须先在目的港向货代的代理换取船公司提单，然后再凭船公司提单去提货，俗称“换单”。
适用范围不同
船东单：适用于整柜交货，适用于FCL（Full Container Load）货物。
货代单：通常用于拼柜出口（LCL，Less than Container Load），因为船公司不会帮企业拼箱，到目的港也不会帮企业分货，只能签发货代单或电放。
法律效应和风险不同
船东单：具有法律效应，船公司承担运输风险，持有者可以直接提货，风险较小。
货代单：通常不具备完整的法律效应，货代公司承担风险，如果没有相关的运输合同等，出了问题，理赔起来比较麻烦。
费用不同
船东单：目的港提货一般不会发生什么费用。
货代单：提货时必须支付换单费，该费用可能由发货人支付给货代，货代再与代理结算。
查询和资质不同
船东单：可以在相关网站查询，资质及其真假有据可依。
货代单：编号不能进入海关舱单管理系统，其资质及真假较难查证。
总结：
船东单和货代单在签发主体、抬头、收货方式、适用范围、法律效应、风险和费用等方面均有明显的区别。船东单由船公司签发，具有直接提货权和法律效应，适用于整柜交货，风险较小；而货代单由货代公司签发，主要用于拼柜出口，需要换单，风险较大，且不具备完整的法律效应。因此，在实际业务中，发货人应根据具体情况选择合适的提单类型。