已完工程及设备保护费的计算基数和费率是由工程造价管理机构根据各专业工程的特点和调查资料综合分析后确定的。计算基数通常包括以下几项费用：
定额人工费
定额材料费
定额机械费
分部分项工程费
有些情况下，计算基数还可以包括：
建安工程费
人工费、材料费和机械费之和
人工费、材料费、机械费和管理费之和
因此，已完工程及设备保护费的计算基数可能是单一的定额人工费、定额材料费、定额机械费，也可能是这些费用的组合，具体取决于工程的特点和工程造价管理机构的判定。费率由工程造价管理机构根据各专业工程的特点和调查资料综合分析后确定，并且需要甲方承认。
建议在实际应用中，根据具体的工程类型和工程造价管理机构的指导来确定计算基数和费率，并确保这些费用得到甲方的认可。