《仙剑奇侠传三》的故事背景设定在《仙剑奇侠传》第一代的五十年前，那时李三思刚刚出生，巫后还是婴儿，剑圣尚未拜入蜀山修仙。游戏的主要剧情围绕寻找五灵珠、封印锁妖塔以及解决神界与魔界之间的冲突展开。
故事起因
锁妖塔顶端突然坍塌，封印被解除，导致妖魔横行人间。
神将军飞蓬与魔尊重楼因两界冲突频繁交手，两人逐渐有惺惺相惜之意。重楼提议与飞蓬在新仙界决斗，飞蓬在天庭派兵捉拿的压力下分心，最终败给重楼，其佩剑被打落人间。
主要角色及命运
景天：飞蓬的转世，渝州唐门新安当铺的伙计，性格开朗，热爱古董，偶然间卷入蜀山的冒险中，最终成为蜀山的大侠。
雪见：唐家堡堡主的孙女，因打破爷爷的紫砂壶而找到景天修补，两人因此结缘，共同经历冒险，最终成为夫妻。
龙葵：姜国公主，因国破家亡而跳入剑炉自尽，其魂魄长宿魔剑中。在景天的帮助下，龙葵得以复活，但最后为救景天而牺牲。
重楼：魔尊重楼，因与飞蓬的决斗而来到人间，最终成为凡人，与景天成为朋友，并帮助景天战胜邪剑仙。
邪剑仙：因锁妖塔被破坏而释放，企图统治人间，最终被景天等人封印。
剧情发展
前期：景天与雪见在永安当相识，并共同经历了一系列冒险，包括寻找五灵珠、解决唐家堡的危机等。
中期：景天在蜀山学习武艺，结识了长卿、紫萱等人，并逐渐揭开了自己与飞蓬、重楼之间的渊源。
后期：景天与雪见、龙葵等人一起寻找五灵珠，最终成功封印锁妖塔，战胜邪剑仙，维护了人间的和平。
结局
第一个结局：景天成为渝州首富，娶了雪见，生了个儿子叫景小楼，蓝葵和红葵也分为两体，一家人幸福地生活在新安当。
第二个结局：景天为了救邪剑仙所杀的人，付出同等代价让自己折寿，他和雪见的未来成为悬念。
第三个结局：重楼成为凡人，龙葵殉剑而死，没有再次复活。
这些结局都充满了想象空间，给玩家留下了深刻的印象。游戏通过丰富的剧情和角色塑造，展现了一个充满奇幻与冒险的世界。