因公普通护照和公务护照的区别主要体现在以下几个方面：
颁发对象不同
公务护照：主要颁发给各级政府部门县（处）级以上官员、派驻国外的外交代表机关、领事机关和驻联合国组织系统及其专门机构的工作人员及其随行配偶、未成年子女等。
因公普通护照：主要颁发给其他公务员和参照公务员标准管理机构中的其他人员，以及国有（控股）企事业单位的因公出国人员。
护照样式不同
公务护照：护照封皮为黑色底或绿色底，金字，正中是中华人民共和国国徽，国徽上方印有“中华人民共和国”，下方印有“公务护照”。
因公普通护照：护照封皮也为黑色底或绿色底，金字，正中是中华人民共和国国徽，国徽上方印有“中华人民共和国”，下方印有“公务普通护照”。
颁发机关不同
公务护照：由中华人民共和国外交部负责签发。
因公普通护照：由中华人民共和国外交部或地方外办负责签发。
使用用途不同
公务护照：用于国家和政府的一般官员、外交代表机关和领事机关的行政技术人员等人从事公务活动。
因公普通护照：用于除官方活动（包括外交活动和政务活动）以外的一切公务活动人员使用。
签证便利性不同
公务护照：持有者通常可以享受到更多的签证便利，比如免签或者签证手续简化等待遇。
因公普通护照：相对于公务护照，因公普通护照在签证方面可能没有特殊待遇。
总结：
因公普通护照和公务护照的主要区别在于颁发对象、护照样式、颁发机关和使用用途。公务护照主要面向高级政府官员和外交人员，享有更多的签证便利和外交礼遇；而因公普通护照则面向其他公务员和国有企事业单位的因公出国人员，签证待遇相对较为一般。