土地增值税核定征收管理办法是指针对特定情况下，税务机关对土地增值税实行核定征收的方式。以下是一些关键点和具体规定：
适用范围
纳税人未设置账簿或擅自销毁账簿、拒不提供纳税资料。
虽设置账簿，但账目混乱或成本资料、收入凭证、费用凭证残缺不全，难以确定转让收入或扣除项目金额。
符合土地增值税清算条件，但未按期办理清算手续，经税务机关责令限期清算，逾期仍不清算的。
申报的计税依据明显偏低且无正当理由的。
转让旧房及建筑物，既没有评估价格，又不能提供购房发票的。
应纳税额的计算方法
应纳税额 = 房地产计税收入 × 核定征收率。
核定征收率的确定
销售（转让）住宅房屋按不低于5%的核定征收率计征土地增值税。
销售（转让）商铺和其他房地产（包括有产权的车库、车位）按不低于5%的核定征收率计征土地增值税。
具体的核定征收率可能会根据当地实际情况进行调整，并报上级税务机关备案。
其他相关规定
核定征收必须严格依照税收法律法规规定的条件进行，任何单位和个人不得擅自扩大核定征收范围。
在清算中，税务机关应进行核查，并报告上级税务机关备案后执行。
这些管理办法旨在规范土地增值税的征收工作，确保税收的公平性和合法性。具体实施时，还需参照当地的具体规定和实施细则。