怪盗基德的大结局如下：
活下来并恢复正常生活：
怪盗基德在经历了一系列的冒险和战斗后，最终活了下来，并恢复了正常人的生活。他与青子一起开开心心地生活下去。
揭露黑衣组织并阻止其计划：
怪盗基德在《名侦探柯南》中揭露了黑衣组织的存在，并提前破坏了他们的计划，从而阻止了黑衣组织的阴谋。
与主要角色的合作：
在《名侦探柯南》中，怪盗基德与江户川柯南、服部平次等主要角色进行了多次正面交手，最终大多以解决第三方案件结束。柯南一直希望抓捕怪盗基德，但由于基德只是到《名侦探柯南》中客串，涉及两部作品结局的问题，所以柯南没有抓捕基德或知晓基德真实身份的可能。
牺牲自己帮助柯南：
也有推测认为，怪盗基德最终可能牺牲自己以帮助柯南，或者组织被连根拔起后，基德自首。
综合以上信息，可以得出结论：怪盗基德最终活下来，并恢复了正常生活，与青子一起幸福生活。他揭露了黑衣组织的阴谋，并与柯南等角色合作，最终阻止了黑衣组织的计划。