自收自支事业单位的工资发放应当遵循以下原则和规定：
工资发放原则
工资应当按月发放，发放时间一般为每月的最后一个工作日。
工资应当按照岗位等级、工作年限、绩效考核等因素确定，不得随意发放或者停发。
工资应当按照法律法规和规章制度的规定扣除个人所得税、社会保险费等相关费用。
工资应当按照职工签订的劳动合同或者劳动协议确定，不得任意更改。
工资应当在职工离职时结清，不得拖欠。
工资组成
事业单位的工资包括岗位工资、薪级工资和各项津贴补贴。
津贴补贴部分不能超发，可以少发或不发。
自收自支事业单位的绩效补贴是根据自收自支管理单位财务管理暂行办法决定的。
财务管理
自收自支管理单位是指有稳定的经常性收入，可以抵补本单位的经常性支出，但尚未具备管理条件的预算单位。
实行自收自支管理的单位仍属预算内事业单位，其职工的工资、福利、奖励等均执行国家对事业单位的有关规定。
国家对自收自支管理单位实行核定收支、增收节支留用、减收超支不补的办法。收大于支较多的单位，在核定其收支数时应规定其收入的一部分上缴财政或主管部门。上缴财政部门的收入，用作社会文教行政事业周转金；上缴主管部门的收入，用于抵顶财政部门对该部门的事业费拨款。具体上缴比例由主管部门会同同级财政部门核定。
其他规定
事业单位13个月工资发放规定：自收自支事业单位的人员工资支出全部由单位经营所得支出，所以，它的13个月工资也是单位自支。
退休工资：已参加企业职工基本养老保险统筹的企业化管理的事业单位，其退休人员应按照企业职工基本养老保险办法计发基本养老金，并执行企业退休人员基本养老金调整政策，不再执行事业单位退休人员退休费调整政策。
这些原则和规定旨在确保自收自支事业单位的工资发放公平、合理，并符合法律法规的要求。具体实施过程中，单位应结合自身的财务状况和实际情况，制定详细的工资发放和管理制度。