重庆谈判的核心问题是 解放区及其军队问题。具体涉及以下方面：
解放区范围
共产党提出由共产党人担任山西、山东等五省解放区所在地的省主席，担任解放区广为分布的广东、湖北等六省的副主席，以及北平、天津、青岛、上海四个特别市的副市长。
国民党则只允许共产党参加政府，各解放区官员都需要国民党认可才能继续留任。
军队编制人数
共产党提出将人民军队整编成16个军48个师。
国民党坚持最多只允许保留12个师，并且要求国民政府直接派人担任领导。
尽管双方在这些问题上存在巨大分歧，但为了民族大义和百姓的幸福生活，共产党在谈判中做出了一些让步，例如将原先方案里的65个师进一步缩编为43个师。然而，蒋介石仍然坚持最多只能保留12个师，并且要求由国民政府直接领导军队。
最终，重庆谈判未能在这些问题上达成一致，双方的诉求差距极大，导致谈判未能取得实质性成果。