股权变更印花税的缴纳方式如下：
税率 ：股权变更印花税的税率是价款的万分之五（0.05%），计算公式为：股权变更印花税 = 股权转让书据价款 × 0.05%。纳税人：
股权转让的双方当事人为纳税义务人，需要申报缴纳印花税。
申报缴纳
纳税人可以通过网上电子税务局进行申报缴纳。
也可以预约至主管税务机关前台办理申报缴纳。
缴纳税款：
纳税人应根据税务机关的通知，在规定的时间内直接向税务机关支付税款。
减免政策
对于增值税小规模纳税人、小型微利企业和个体工商户，根据相关公告，在一定条件下可以享受印花税的减免政策。
特殊情形：
如果股权转让协议中未明确金额，在后续实际结算时确定金额的，应根据税务机关的规定进行申报缴纳。
请根据您的具体情况选择合适的缴纳方式，并确保遵守最新的税收法规。