股权变更印花税的税率是 价款的万分之五。具体计算方式如下：
计税依据：
股权转让印花税的计税依据是产权转移书据所列的金额，不包括列明的认缴后尚未实际出资权益部分。
计算方法：
股权转让印花税 = 产权转移书据所列金额 × 0.05%。
例如，如果股东A的股权转让价款为1200万元，那么应缴纳的印花税为：
\[ 1200万元 × 0.05\% = 6000元 \]
示例
假设股权转让日股东A的实缴资本为0，则印花税的计税基础为0。如果产权转移书据所列金额为1200万元，则应缴纳的印花税计算如下：
\[ 1200万元 × 0.05\% = 6000元 \]
注意事项
增值税税款：
计税依据不包括列明的增值税税款。
认缴出资权益：
计税依据不包括认缴后尚未实际出资的权益部分。
申报流程：
纳税人可以通过电子税务局进行股权转让印花税的申报和缴纳。
希望以上信息对您有所帮助。如有更多疑问，建议咨询专业的税务顾问或税务机关。