工程投标文件的密封流程如下：
文件分类与密封
将投标文件的资格审查部分、商务标书、技术标书三部分分别放入三个文件袋中，并单独密封。在密封前，务必检查这些文件的内容是否完整，签名和盖章是否齐全。
标记与注明
每个文件袋中应包含正本和副本两份，并在封面上明确标注“正本”或“副本”。所有封袋上都必须写明招标人名称、工程名称以及投标人的名称。正本和副本如有差异，以正本为准。
制作数据光盘
制作包含“投标总价”、“工程项目总价表”、“单位工程费汇总表”及其他反映组价和分析等数据资料的光盘正本及副本，并将它们与文件袋一起密封与标志后，在开标时同时递交。
封条准备与使用
准备好封条，可以是普通的密封条或A4整张纸。封条内容应包含递交标书地址和联系方式、投标邀请的标题和编号、投标截止时间、招标人名称、投标人名称，并加盖单位公章。封条应黏在档案袋的封口处，并在封条与文件袋相接处盖上公章（骑缝章）。
文件放入包装箱
将所有投标文件放在A4包装箱子里，并用透明胶带粘牢绑好，确保轻拿轻放。
特殊情况处理
若所有文件需放入一个文件袋中，则需确保文件袋封口处加盖骑缝章，并在封条上注明详细信息和密封时间。
通过以上步骤，可以确保投标文件的密封符合招标要求，避免因密封不当而影响投标的有效性。