南京条约的危害主要包括：
五口通商：
开放广州、厦门、福州、宁波、上海为通商口岸，便利了资本主义国家的货物流通到中国，使中国经济逐渐半殖民地化。
协定关税：
中国成为世界上进口税最低的国家之一，海关成为西方侵略者用来倾销洋货和掠夺原料的工具。
领事裁判权：
英国人民与中国人民发生冲突时，只可以由英国领事去裁判，中国政府无权过问，严重破坏了中国的司法主权。
片面最惠国待遇：
西方列国要求中国给出最优惠的待遇，但不会给予中国最优惠的待遇，导致中国在国际贸易中处于不利地位。
领土完整受损：
割让香港岛给英国，损害了中国领土的完整。
财政负担加重：
巨额赔偿增加了清政府的财政负担，这些负担最终转嫁到劳动人民身上，加剧了社会矛盾。
社会性质变化：
随着西方列强的侵略，中国开始沦为半殖民地半封建社会，社会的主要矛盾由地主阶级和农民阶级的矛盾，转变为外国资本主义和中华民族的矛盾。
这些危害综合起来，导致了中国的主权受到严重侵犯，国家经济和社会结构发生根本性变化，为中国的近代历史开启了充满苦难的一页