土地增值税加计扣除5%是指在计算土地增值税时，可以在 税前扣除的基础上，再按取得土地使用权所支付的金额和房地产开发成本之和的百分之五进行加计扣除。这种扣除方式旨在鼓励企业加大投资，促进经济发展。
具体计算方法为：
确定扣除项目：
这通常包括取得土地使用权所支付的金额、房地产开发成本、房地产开发费用以及其他允许扣除的费用。
计算增值额：
增值额的计算公式为：增值额 = 销售收入 - 扣除项目金额。
应用加计扣除率：
在计算应纳税额时，可以应用加计扣除率5%。具体计算公式为：应纳税额 = 增值额 × 税率 - 扣除项目金额 × （1 + 5%）。
需要注意的是，此政策适用于能提供购房发票的旧房及建筑物的转让，并且计算时需从购买年度起至转让年度止，每年加计5%。
建议在实际操作中，企业应仔细遵循相关税法规定，并在需要时咨询当地税务部门以获取更详细的指导和确认。