商调函和调令的主要区别在于用途、对象以及正式程度：
用途
商调函：用于公司或企业之间调配员工的工作岗位和工作地点，属于商务文件。
调令：用于政府机关或事业单位内部调动公务员或事业单位人员，属于官方文件。
对象
商调函：对象通常是职员、员工等企业内部人员。
调令：对象一般是公务员、事业单位人员等。
正式程度
商调函：通常只是用于审查档案等材料，作为调动前的考察手段，并非正式调动。
调令：是正式办理调动的手续，标志着人员正式由一个单位调入另一个单位。
法律依据
商调函：根据《中华人民共和国民法典》第五条，民事主体应遵循自愿原则进行民事法律关系的设立、变更、终止。
调令：根据《中华人民共和国劳动合同法》第三十五条，用人单位与劳动者协商一致，可以变更劳动合同约定的内容。
总结来说，商调函更多是用于企业间的协商性调动，而调令则是政府机关或事业单位内部对公务员或事业单位人员正式的工作调动。商调函不一定意味着最终的调动，而调令则是调动完成的正式文件