二类医疗器械经营备案流程如下：
网上办理
申请人可以在政务服务网在线申报，提交材料后经过审查，符合条件的将进行备案，并发放备案凭证。
准备申请材料
需要填写《第二类医疗器械经营备案申请表》。
提供营业执照复印件1份。
提供法定代表人、企业负责人、质量负责人的身份证明、毕业证复印件。
提供组织机构与部门设置说明。
提供经营场所、库房的地理位置图、平面图，注明实际使用面积，并提供房屋产权证明文件或者租赁协议复印件。
提供经营设施和设备目录。
提供经营质量管理制度及工作程序等文件目录。
若委托他人代办，需提供法人签字的委托书及被委托人身份证复印件，以及申请材料真实性的保证声明。
在线申报
准备好材料后，可在企业所在地的政务服务网进行在线申报。部分地区可能还要求到当地政务服务中心窗口现场提交纸质资料，具体要求可参考当地政府官方办事指南。
材料审查与备案
相关部门会对提交的材料进行严格审查，包括材料的完整性、真实性和合法性等。如果材料存在问题或不齐全，会通知申请人在规定时间内补正。
领取备案凭证
经审查，材料无误且符合要求的，一般会在1-2个工作日内发放备案凭证。
现场评估（视情况而定）
根据审核进展，主管部门可能会安排现场检查，以核实企业实际经营环境与申请材料的一致性。
审核与发证
一旦审核与评估通过，企业将收到《第二类医疗器械经营备案凭证》。企业应按时领取并妥善保存此证书，作为合法经营的凭证。
建议：
在准备申请材料时，务必确保所有材料的真实性和完整性，以避免因材料问题导致备案失败。
在线申报时，请仔细填写所有信息，确保无误，以免影响备案进度。
如果需要现场提交纸质资料，请提前准备好所有材料，并按照当地政务服务中心的要求进行提交。