进料加工手册核销流程如下：
收集和整理资料
准备好所有必要的文件，包括进料加工手册、进出口报关单、发票、装箱单等。
核对实际进口数量、价值等信息与手册登记信息是否相符。
提交核销申请
向海关提交进料加工手册核销申请，并缴纳相关税费。
在电子口岸或相关平台上提交核销申请，填写核销申请表，并上传相关资料。
海关审核
海关对企业提交的资料进行审核，确认是否符合核销要求。
审核通过后，海关会签发《加工贸易手册结案告知书》。
办理手册核销手续
持海关签发的“结案告知书”及有关资料到主管退税机关办理手册核销手续。
提交的资料包括《进料加工登记手册》复印件、《生产公司进料加工海关登记手册核销申请表》、进出口报关单复印件及发票复印件、向海关补税的税收缴款书复印件等。
后续处理
核销完成后，企业可继续开展进料加工业务。
如涉及手册统核的须在报告中予以说明，统核的手册须一次申报核销。
建议在实际操作中，企业应提前准备好所有必要的文件，并确保所有信息的准确无误，以便顺利完成手册核销。