总包配合费的计取方法主要依据合同约定和工程实际情况。以下是几种常见的计取方式：
按分包工程造价的百分比计取
总包配合费的基数是分包单位的造价合计，乘以系数3%。
总包配合费也可以按照建设单位另行发包工程总造价（不含设备费）乘以3%来计算。
按合同及补充协议约定计取
如果合同及补充协议中明确了总包配合费按1%计算，则以合同及补充协议为准。
补充协议中若指定分包或直接分包的专业工程，总承包管理费按1.5%计取，以结算价（不含设备费）为计算基数。
按月实际发生金额计取
总包管理费按每月实际发生金额以3‰的比例收取；配合费按实际发生金额的5‰进行收取。
按分包工程总价（不含设备费）的百分比计取
计取配合费的标准按分包工程总价（不包括设备费）的2%~5%，具体比例由双方根据配合深度协商确定。
投标人自报并列入投标报价
总包配合费金额由投标人自报，包含在投标报价中，列入其他项目清单，工程结算时不再增加任何费用。
建议在实际操作中，首先应查阅合同及补充协议，明确总包配合费的计算方法和标准。如果没有明确约定或存在争议，可以根据工程实际情况和双方协商的结果来确定计取方式。同时，注意相关法规和政策的变化，确保计取过程的合法合规。