医疗机构水污染物排放标准主要依据《医疗机构水污染物排放标准》（GB18466）进行确定。该标准规定了医疗机构污水、污水处理站产生的废气、污泥的污染物控制项目及其排放和控制限值、处理工艺和消毒要求、取样与监测和标准的实施与监督等内容。
标准内容
污染物种类和浓度限值
医疗机构污水中的污染物种类和浓度限值根据《医疗机构水污染物排放标准》（GB18466）进行确定。
废气排放
医疗机构废气主要为污水处理站废气，主要污染物包括硫化氢、甲烷、氨、氯气等。废气许可排放管理依据《医疗机构水污染物排放标准》（GB18466）确定污染物种类和无组织排放浓度限值，有组织排放速率限值参考《恶臭污染物排放标准》（GB14554）。
污泥排放
污泥排放的标准也包含在《医疗机构水污染物排放标准》中，涉及污泥的污染物控制项目及其排放限值。
处理工艺和消毒要求
标准规定了医疗机构污水的处理工艺和消毒要求，以确保污水在排放前达到规定的污染物控制标准。
取样与监测
标准的实施与监督包括取样与监测的规定，以确保医疗机构污水排放的监控和管理。
实施日期
《医疗机构水污染物排放标准》（GB18466-2005）自2006年1月1日起实施，并代替了《污水综合排放标准》（GB8978-1996）中有关医疗机构水污染物排放标准部分，以及《医疗机构污水排放要求》（GB18466-2001）。
法律依据
《中华人民共和国水污染防治法》第十条规定，排放水污染物不得超过国家或者地方规定的水污染物排放标准和重点水污染物排放总量控制指标。
建议
医疗机构应严格遵守《医疗机构水污染物排放标准》（GB18466-2005）中的各项规定，确保污水、废气和污泥的排放达到国家和地方规定的标准，以保护环境和公众健康。