进化论被推翻的理由主要包括以下几点：
比较解剖学
解剖学的发展使得人们对进化论产生了不同的看法。尽管进化论在很大程度上得到了证实，但在某些方面仍存在矛盾，缺乏足够的证据支持。
古生物学
如果进化论是正确的，那么物种在进化过程中应该存在一个过渡阶段。然而，古生物学的研究中缺乏这一过渡阶段的明确证据，这使得进化论受到质疑。
胚胎发育
胚胎发育过程显示出一定的规律性，这种规律性比进化论更为严谨。进化论在解释胚胎发育现象时显得不够充分和可靠。
基因遗传学
基因遗传学的出现对进化论提出了前所未有的挑战。遗传学表明，每种生物都有其独特的遗传特性，这些特性决定了生物的特性和本能。这与进化论中物种通过自然选择逐渐演变的观点相矛盾。
其他科学发现
一些科学发现，如人类无法适应地球引力和太阳光线、人类分娩难度高等，也被用来质疑进化论。这些现象在进化论中难以找到合理解释。
尽管存在这些质疑和挑战，进化论仍然是目前最广泛接受的生物起源和进化理论。虽然进化论在细节上可能存在争议，但它总体上已经被科学界广泛接受，并且有大量的实证证据支持。此外，进化论也在不断发展和完善，以适应新的科学发现和技术进步。