工程设计收费主要依据《工程勘察设计收费管理规定》（计价格10号）进行计算，并考虑行业调整系数、工程复杂程度及折扣等因素进行调整。以下是具体的收费标准和计算步骤：
基本设计收费计算
设计基价根据计费额所在区间用插入法计算。例如，对于12800万元的房屋建筑工程项目，计费额在10000万元至20000万元之间，设计基价为304.8万元至566.8万元。
计算费用基准价：$$(566.8-304.8) \times \frac{12800-10000}{20000-10000} + 304.8 = 378.16 \text{万元}$$
调整系数
专业调整系数：例如，建筑市政工程的专业调整系数为1.0。
工程复杂程度调整系数：例如，建筑、人防工程为III级时，复杂调整系数为1.15。
附加调整系数：一般为1。
折扣
折扣根据具体情况在1±浮动幅度值内确定，例如打5折。
最终费用计算
最终费用 = 设计基价 × 专业调整系数 × 工程复杂程度调整系数 × 附加调整系数 × 折扣
例如：$$378.16 \times 1.0 \times 1.15 \times 1 \times 0.5 = 2174.42 \text{万元}$$
此外，对于政府指导价和市场调节价的工程勘察和工程设计收费：
建设项目总投资估算额500万元及以上的实行政府指导价，基准价根据《工程勘察收费标准》或《工程设计收费标准》计算，浮动幅度为上下20%。
建设项目总投资估算额500万元以下的实行市场调节价，由发包人和勘察人、设计人协商确定收费额。
建议：
在实际操作中，建议详细查阅最新的《工程勘察设计收费管理规定》和相关行业标准，以确保收费标准的准确性和合法性。
设计单位应根据项目的具体情况和发包人的需求，合理计算工程设计收费，并在合同中明确约定。