种子萌发是一个复杂的生理和形态发生过程，大致可以分为以下几个阶段：
吸胀
种子浸于水中或落到潮湿的土壤中，其内的亲水性物质吸引水分子，使种子体积迅速增大。这个阶段开始时吸水较快，以后逐渐减慢。吸胀的结果使种皮变软或破裂，种皮对气体等的通透性增加，萌发开始。
水合与酶的活化
吸胀基本结束后，种子细胞的细胞壁和原生质发生水合，原生质从凝胶状态转变为溶胶状态。各种酶开始活化，呼吸和代谢作用急剧增强。例如，大麦种子吸胀后，胚首先释放赤霉素并转移至糊粉层，诱导水解酶（如α-淀粉酶、蛋白酶等）的合成。这些酶将胚乳中贮存的淀粉和蛋白质水解成可溶性物质（如麦芽糖、葡萄糖、氨基酸等），并转运到胚轴供胚生长的需要。
细胞分裂和增大
随着吸水量的增加，胚开始生长，种子内贮存的营养物质开始大量消耗。细胞分裂和增大使得胚根、胚芽和胚轴逐渐发育。
胚突破种皮
胚生长后体积增大，突破种皮而外露。大多数种子先出胚根，接着长出胚芽。
长成幼苗
胚根、胚芽逐渐长出根、茎、叶，最终形成幼苗。有的种子的下胚轴不伸长，子叶留在土中，由上胚轴和胚芽长出土面生成幼苗，这类幼苗称为子叶留土幼苗，如豌豆、蚕豆等。
种子萌发需要适宜的温度、适量的水分和充足的空气。这些条件共同作用，确保种子能够顺利萌发并长成健康的幼苗。