工程设计费用的收费标准主要依据《工程勘察设计收费管理规定》（计价格10号），并结合行业调整系数、工程复杂程度及折扣等因素进行调整计算。以下是具体的收费标准和计算方法：
基本设计收费计算
基本设计收费=工程设计收费基价×专业调整系数×工程复杂程度调整系数×附加调整系数。
折扣
最终设计费用=基本设计收费×折扣（1±浮动幅度值）。
具体计算举例
例如，某房屋建筑工程项目，工程复杂程度为III级，计费额为12800万元，按照计价格10号标准打5折：
查询收费标准文件设计基价表，估算投资：10000万元~20000万元，收费304.8~566.8万元。
计算费用基准价：（566.8-304.8）×（12800-10000）/（20000-10000）+304.8=378.16万元。
查询行业调整系数：6.建筑市政工程-建筑、市政、电信工程：1.0。
查询复杂调整系数：7.3建筑市政工程-7.3.1建筑、人防工程-III级：1.15。
附加调整系数：1。
按收费标准打5折，则最终费用为：378.16×1.0×1.15×1×0.5=2174420元。
其他设计收费
其他设计收费包括总体设计费、主体设计协调费、采用标准设计和复用设计费、非标准设备设计文件编制费、施工图预算编制费、竣工图编制费等。
分档定额计费方法
对于不同投资额的工程项目，工程设计收费还实行分档定额计费方法：
建设项目总投资估算额500万元及以上的工程勘察和工程设计收费实行政府指导价；
建设项目总投资估算额500万元以下的工程勘察和工程设计收费实行市场调节价。
政府指导价和市场调节价
实行政府指导价的工程勘察和工程设计收费，其基准价根据《工程勘察收费标准》或者《工程设计收费标准》计算，浮动幅度为上下20%。
实行市场调节价的工程勘察和工程设计收费，由发包人和勘察人、设计人协商确定收费额。
特级和一级工程项目
特级和一级工程项目的建筑设计解决方案需按项目设计总价的10%进行收取。
二级工程项目
二级工程建筑设计方案需按照项目设计总价的6%进行计费。
三级工程项目
三级工程建筑设计方案需按照项目设计总价的3%进行计费。
四级及以下工程项目
四级及以下（含四级）工程无需另行支付建筑设计方案费。
这些标准和计算方法为工程设计费用的收取提供了明确的依据，确保收费的合理性和透明度。建议在实际应用中，结合具体项目的实际情况和当地政策，进行详细的费用计算和协商。