军旗的规则主要包括以下几个方面：
军旗的保管与使用
每个团以上部队授予一面军旗，由司令部军务部门保管，军务内勤参谋和保密员负责。军旗按绝密等级保护。
平时军旗存放在保密室内，放在军旗专用保密箱内，旗杆可拆卸，用时丝扣安装。两把钥匙由内勤参谋兼保密室主任和保密员分别保管。
动用军旗需要由使用部门打报告，经过参谋长和部队长两人同时签字同意。
军旗从保密室出库到用完军旗入库，军务参谋和保密员必须全程跟随，不得脱离目视范围。特务连派出两名战士持枪跟随警戒，并且专车接送。
军旗在游戏中的位置
在军旗游戏中，军旗只能放在司令部。
游戏胜利条件
最后的幸存的一方为胜家。军旗被拿走、无棋可走、超时5次的一方都会被判输。
棋子的移动与吃子规则
棋子的移动规则：公路上棋子每次只能走一步，铁路上只要路途没有棋子阻隔，步数就不受限制，但遇到铁路直角拐弯时，除了“工兵”允许通过外，其他棋子不能通过。大本营中的棋子以及“地雷”不能移动。
吃子规则：军棋棋子的大小顺序是司令、军长、师长、旅长、团长、营长、连长、排长、工兵。小棋遇大棋被吃，相同棋子相遇则同归于尽。
特殊规则
炸弹不能放在第一行，地雷只能放在最后两行。
在翻棋玩法中，游戏开始前先将棋子背面朝上后打乱，摆在兵站上，游戏开始后玩家依次进行翻棋，首先翻出要使用的棋子，双方进行厮杀。
这些规则确保了军旗游戏的严肃性和保密性，同时也增加了游戏的策略性和趣味性。