水资源论证收费实行政府指导价，具体收费标准根据项目取水水源、投资、论证等级，以及所属行业、所在区域等因素确定。收费方法包括：
按建设项目取水水源类别与论证等级计算论证费用
地表水：一级36万元，二级26万元，三级10万元；
地下水：一级40万元，二级30万元，三级18万元。
按建设项目估算投资额计算论证费用
投资规模小于3000万元：10万元；
投资规模3000万元至1亿元：14万元；
投资规模1亿元至5亿元：19万元；
投资规模5亿元至10亿元：27万元；
投资规模10亿元以上：31万元；
投资规模50亿元以上：45万元；
投资规模50亿元以上：52万元。
按工日费用标准计算
当上述两种方法均不便计费时，可以参照规定的工日费用标准由论证资质单位与委托方议定。
加收费用
论证资质单位在编制水资源论证报告书需要勘察、试验等专项工作需要加收费用的，可由双方另行协商。
由于委托方原因造成论证工作量增加或延长论证期限的，论证资质单位可与委托方协商加收费用。
建议：
委托方在委托水资源论证时，应明确项目取水水源、投资估算额等相关信息，以便论证资质单位准确计算论证费用。
如涉及特殊行业或区域，建议咨询当地相关部门或专业机构，以获取更准确的收费标准和指导。