工程索赔程序通常包括以下几个关键步骤：
发出索赔意向通知
索赔事件发生后28天内，承包人需向工程师发出索赔意向通知，表明索赔意愿并简述索赔事由。
提交索赔报告及相关资料
在发出索赔意向通知后的28天内，承包人需向工程师提交详细的索赔报告及相关资料，如工程变更指令、现场签证、会议纪要、往来函件等，以证明索赔事件的发生及造成的损失。
工程师审核
工程师在收到承包人提交的索赔报告和相关资料后，需在28天内给予答复或要求承包人补充索赔理由和证据。若工程师在28天内未予答复或未提进一步要求，则视为索赔申请已获认可。
持续索赔的处理
若索赔事件持续发生，承包人应阶段性向工程师发出索赔意向，并在索赔事件终了后28天内提供最终的索赔报告及相关资料。
工程师与承包人谈判
若工程师与承包人未能就索赔达成一致，工程师有权确定一个合理的单价或价格作为最终处理意见，并报送业主及通知承包人。
发包人审批
发包人需审批工程师的索赔处理证明，并在规定时间内给予答复。若发包人逾期未作答复，则视为承包人的索赔要求已被认可。
承包人接受最终决定
承包人需在规定时间内决定是否接受最终的索赔决定。若接受，则索赔款项将作为合同价款的增加部分进行支付；若不接受，则需按合同约定的争议解决方式处理。
在整个索赔过程中，承包人应确保所有文件和证据的完整性和准确性，以便在需要时能够提供充分的证明。同时，承包人应与业主和相关方保持良好的沟通，争取通过协商解决问题。若协商无果，可考虑通过调解、仲裁或诉讼等途径解决争议。