小程序运营公司的付费方式主要根据以下几个方面来确定：
功能需求
按功能收费：根据所需功能的多少和复杂程度来收费。例如，分销功能和会员功能可能需要支付更高的开发费用。
定制开发：如果需要定制开发特定的功能或小程序，费用会根据开发难度和功能复杂性来定价，一般费用在几万元到几十万元之间。
开发方式
系统开发：选择成熟的小程序商城系统进行开发，费用一般在几万元左右。
定制开发：与专业的开发公司合作，定制开发自己的小程序商铺，费用最少也需要十万元以上。
资源使用
服务器费用：如果使用服务商提供的服务器资源，费用会根据服务器的配置和使用情况来收费。
其他资源：如域名、证书等，费用根据实际需求来定。
运营费用
按年/季度/月缴纳服务费：根据合同约定的工作内容和数量来收费，费用区间从每年十几万元到几百万元不等。
按阅读量、粉丝量付费：一些服务商可能会根据小程序的阅读量或粉丝量来收费，但需注意甄别数据的真实性。
按效果付费：例如按订单量或订单金额付费，这种收费方式一般适用于大型电商或金融类客户。
附加服务
认证费用：微信小程序认证费用为300元/年。
开发工具平台收费：一些平台提供的小程序模板和开发系统免费，但功能有限，对于需要更多功能的小程序，需要支付额外费用。
建议
明确需求：在选择小程序运营公司时，首先要明确自己的功能需求和预算，以便选择合适的收费方式和服务商。
合同细节：在签订合同时，务必详细列明服务内容、费用构成及付款方式，避免后期产生不必要的纠纷。
市场调研：了解市场上不同服务商的收费标准和服务质量，选择性价比最高的服务商进行合作。