处理小程序源码纠纷的方法如下：
明确版权归属：
在合同或协议中明确代码的所有权和使用权，避免后续纠纷。确保交付的源代码包含前端、后端完整代码及配置文件，并确保代码能编译、部署与维护。同时，提供详细的代码文档，如架构设计、模块说明、接口文档等，方便后续开发维护。
确保代码兼容性：
源代码应能在不同系统、浏览器和设备上兼容，以保证用户体验。同时，代码应全开源，无加密、混淆、压缩，便于审查与合作。
处理侵权通知：
如果收到侵权通知，商家应及时进入小程序管理后台查看并处理相关投诉。对于消费者反馈的交易投诉，平台将在72小时内完成核实与处理。若商家和消费者无法达成和解，纠纷单将自动流转至平台介入处理状态，平台将判定开发者责任并做出相应处理。
寻求法律咨询：
在处理纠纷时，建议咨询专业的知识产权或合同法律顾问，了解相关法律规定和程序，明确起诉合作方的法律依据和风险。在起诉之前，可以先与合作方进行沟通和协商，尝试解决纠纷。
收集证据：
整理与开发合作方有关的所有证据，包括合同、协议、沟通记录、交付文件、付款记录等，以便于证明合作方的违约行为和您的合法权益。在诉讼过程中，需要提交这些证据材料。
提起诉讼：
如果无法通过协商达成和解，可以向当地法院提起诉讼，要求合作方承担违约责任和损失赔偿。在诉讼过程中，需要参与程序，提交证据材料，出庭作证，接受调解或审判等环节，保护自己的权益和利益。
通过以上步骤，可以有效地处理小程序源码纠纷，维护自己的合法权益。