微信支付商家助手小程序的收费情况如下：
手续费费率
根据商户类型不同，手续费费率有所差异。
文物经营、文物复制品销售、食品生鲜、零售、餐饮、停车缴费、机票、票务代理、城市公共交通、高速公路收费等行业的商户，手续费费率为0.6%。
加油加气站点和物流快递企业按照0.3%的低手续费率进行结算。
网游公司、在线图书销售平台、视频音乐门户论坛等被归为高风险类别，需要承担1%左右较高的手续费。
申请费用
申请小程序需要支付300元，如果已经有认证过的公众号则可以免费申请。
开发费用
小程序开发费用根据具体需求和功能复杂程度而定，一般在1000到几万元之间。
普通商户的费率是按商户行业类目匹配的，部分行业服务商可协助子商户号调整费率或报名活动费率。
如果需要全部定制开发且功能复杂、繁琐、周期较长，则费用可能从一万至几万甚至超过10万元不等。
建议
商户类型选择：根据商户的行业类型选择合适的费率，以降低手续费支出。
开发预算：在申请小程序和开发前，详细规划需求和预算，以便选择合适的服务商和开发方式。
费率调整：如果条件允许，可以尝试与服务商沟通调整费率或参加相关活动以进一步降低成本。