在R语言中，可以通过以下几种方法来判断程序是否运行完毕：
控制台输出
在R语言的控制台中执行代码后，运行结果会直接在控制台中显示出来。你可以通过观察控制台输出来判断程序是否运行完毕。
变量查看
如果程序生成了结果并存储在变量中，你可以直接输入变量名并按回车键来查看该变量的值。例如，如果将计算结果存储在变量`x`中，可以直接输入`x`并按回车键来查看`x`的值。
图形输出
如果代码生成了图形输出，可以通过图形窗口查看生成的图形结果。这通常意味着程序已经完成了其图形展示部分。
打印函数
使用`print（）`函数可以显示运行结果。例如，`print（x）`会将变量`x`的值打印出来。你可以在程序的关键步骤使用`print（）`函数来输出中间结果，从而判断程序的执行进度。
summary（）函数
对于统计分析结果的输出，可以使用`summary（）`函数来查看汇总统计信息。这也是一种判断程序运行结果的方法。
系统时间函数
可以使用`proc.time（）`函数来测量程序的执行时间。通过比较程序开始和结束时的`proc.time（）`值，可以计算出程序的执行时间，从而间接判断程序是否运行完毕。
进度条
如果你使用了`tcltk`包或其他进度条库，可以通过进度条的状态来判断程序是否运行完毕。例如，进度条达到100%时，通常意味着程序已经执行完毕。
线程状态
在多线程程序中，可以通过检查线程池中所有线程的状态来判断程序是否运行完毕。例如，当所有线程都完成执行时，线程池的活跃线程数为0。
通过以上方法，你可以有效地判断R程序是否已经运行完毕。选择哪种方法取决于你的具体需求和程序类型。