查处程序违法的处理方式主要依据《中华人民共和国行政处罚法》、《中华人民共和国行政诉讼法》等相关法律法规，具体处理方式如下：
行政处罚程序违法
当事人可以依法提起行政诉讼：被处罚人可以向人民法院提起诉讼，请求法院撤销或部分撤销违反法定程序的行政处罚决定，并要求行政机关重新作出处罚决定。
由上级行政机关或者有关部门责令改正：有权机关在发现行政处罚违反法定程序时，可以责令其改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。
行政许可程序违法
可以撤销行政许可：对违反法定程序作出准予行政许可决定的行政机关或其上级行政机关，有权撤销该行政许可。
行政强制程序违法
责令改正并处分：有权机关违反法定程序实施行政强制时，由上级行政机关或者有关部门责令改正，并对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予处分。
行政复议程序违法
撤销、变更或确认违法：复议机关对违反法定程序的行政处罚，可以决定撤销、变更或者确认该具体行政行为违法，并可以责令被申请人在一定期限内重新作出具体行政行为。
审判程序违法
发回重审：法官在审判阶段出现程序性违法行为，一般处理意见是发回重审，法官在法院内部接受处罚。
具体处理措施
撤销或部分撤销：法院对违反法定程序的行政处罚决定，可以判决撤销或部分撤销，并要求行政机关重新作出具体行政行为。
重新作出处罚决定：行政机关在重新作出处罚决定时，必须遵循法定程序，否则可能再次面临被撤销或处罚的风险。
综上所述，查处程序违法的处罚措施多样，涉及行政处罚、行政许可、行政强制、行政复议和审判程序等多个方面。对于违反法定程序的行为，主要通过行政诉讼、责令改正、行政处分和撤销原决定等方式进行纠正，以确保行政行为的合法性和公正性。