如果入党程序不正规，处理方式如下：
取消非法取得的党员资格：
对于通过不正当手段取得党员资格的人，经支部大会讨论通过，并报上级党组织批准，取消其预备党员资格。
重新履行入党手续：
对于因程序不规范导致入党手续不完备、材料不全或填写混乱的预备党员，应由转出组织关系的党组织补办手续和材料。确属无法补办的，要在其入党志愿书中注明情况和原因，并重新履行入党手续。
严肃查处造假者和责任者：
对于采取弄虚作假或其他手段把不符合党员条件的人发展为党员，或为非党员出具党员身份证明的，要依纪依法严肃处理。审查把关不严的党组织及其负责人、直接责任人应当进行批评教育，情节严重的给予纪律处分。
不承认党员身份：
对于因程序不规范导致的不承认党员身份的情况，建议原学校党组织或单位进行身份认定，认定为党员身份无效，后续再向党组织递交入党申请。
重新按程序入党：
对于发展党员程序不规范的情况，必须取消党员资格，并重新按程序入党。严格执行政治标准和入党程序，确保党员质量。
加强领导和审查：
各级党委必须把发展党员工作列入重要议事日程，切实加强领导，严格履行入党手续，确保每个环节都严格按照规定执行。
调查核实：
对于老同志在党组织关系转移时发生的程序不规范情况，需要进行调查核实，搜集证据，证明其党员身份的正确性，并按照程序恢复其党员身份。
综上所述，处理入党程序不正规的问题，关键在于严格按照党的规定和程序进行重新审查和处理，确保党员的质量和合法性。对于违规违纪的行为，必须严肃查处，以维护党的纪律和形象。