工程结算程序一般包括以下几个步骤：
工程竣工验收合格
工程结算的前提是工程必须竣工验收合格。这意味着所有合同所对应的工程，包括总包、所有分包、材料设备等，都需要进行四方验收，并签发合格证书。
制作结算表格
四方验收时，除了签发合格证书外，还应制作表格对应合同进行验收，明确乙方完成的工程量增减情况，并经乙方、监理、甲方工程人员、预算人员签认。
结算资料准备
在工程验收合格后，乙方需要汇总整理所有结算资料，包括合同、施工图、竣工图、签证变更的审批情况、交工证书、资料移交书等，并上报给监理及甲方。
审核阶段
监理负责审核结算资料的完整性，确保资料齐备符合竣工资料的验收要求，并将审核结果反馈给甲方和乙方。甲方的预算部门原则上应自行审核结算，如果招标时的工程量清单由咨询公司编制，则该咨询公司也可负责审核，甲方预算及工程人员需配合完成结算工作。
核对与谈判
甲方初步审核后，与乙方进行核对谈判，重大分歧汇总上报各方主管领导解决。双方达成一致后，甲方写出书面材料汇报结算情况及最终结果，并在结算书上签发书面意见。
结算完成与付款
结算完成后，乙方提出结算付款申请，甲方预算审核后，由甲方主管领导签发付款意见，交财务部门进行付款。
其他结算方式
根据工程规模、工期、合同条款等因素，双方可以约定其他结算方式，如分段结算、竣工后一次结算、按月结算等。
审计
如果是政府投资的项目，可能还需要财政部门的审计。
通过以上步骤，可以确保工程结算过程规范、准确，并符合相关法律法规的要求。建议在实际操作中，各方应严格按照规定的流程进行，以保证结算的公正性和合理性。