查询网站是否存在恶意程序，可以采取以下几种方法：
使用系统自带的搜索文件功能
输入特定文件扩展名进行搜索，例如输入“*.aspx”来查找ASPX文件，然后根据记忆排除可信文件，特别关注以数字命名的文件，因为这些文件很可能是恶意文件。
使用第三方安全检测平台
推荐使用360网站安全检测平台。首先登录360账号，然后手动添加网站地址进行验证。平台会提供网站漏洞等问题列表，可以根据这些信息进行修改和修复。
检查网站的iframe标签
恶意代码可能隐藏在网站的iframe标签中，特别是在开始网页标准代码的标签前或结束网页代码的标签后。需要仔细检查这些区域，因为混淆代码或脚本通常被隐藏以逃避自动化查找工具。
使用百度卫士
启动百度卫士，进入百宝箱中的恶意网址检测选项，输入网站地址进行检测。百度卫士会分析网站的安全情况并给出分析结果。
使用系统监控工具
利用Windows系统的资源监视器或第三方工具如GlassWire、NetWorx等，监控网络活动和程序使用情况，以追踪可能的恶意活动。
使用站长工具
访问站长之家等网站，使用其提供的网站安全检测工具输入网站地址，获取安全检测结果。
检查服务器日志和进程
在Windows系统中，检查任务管理器中的异常进程，进程名称可能为数字或具有中国特色。在Linux系统中，检查特定目录中是否存在可疑文件，如ps、ss、lsof、netstat等。
使用专门的网站安全扫描软件
安装并使用网站安全狗等免费软件，对全栈进行扫描，自动清理黑客留下的漏洞，并还原网站数据。
建议定期进行网站安全检查，并及时修复发现的漏洞，以确保网站的安全性。