在发那科数控系统中设定主程序，可按照如下步骤操作：
进入编辑模式
在CNC画面按下操作盘上的【编辑】键，将方式切换到编辑方式。
选择程序
按下软键〔（操作）〕，接着按下软键〔检索程序〕。
按下软键〔下一程序〕或〔前一程序〕，选择所需的程序。
设定主程序
在程序列表中，将光标指向要设定为主程序的程序，按下软键〔主程序〕。
在所选程序名的左侧会显示“@”符号，表示该程序已设定为主程序。
保存程序
设定完成后，确保保存程序，以便后续调用和执行。
通过以上步骤，即可在发那科数控系统中成功设定主程序。建议在设定主程序前，先确认程序的逻辑和结构，以确保其正确性和有效性。