如果发现刑事案件的立案程序存在违法现象，可以采取以下措施：
向公安机构或检察机关申诉
立案程序违法时，首先可以向负责该案的公安机构或检察机关提交申诉申请，请求对立案流程进行深入核查并进行更正。
向法院提交异议声明
在案件进入审判阶段后，若发现立案程序违反规范，可以向法庭提交关于立案流程违法的异议声明。法院将依据相关规定对此展开详尽审查，并依法作出裁决与处置措施。
向上级公安机关申请复议
如果认为公安机关的立案程序违法，可以向该公安机关的上一级公安机关申请复议，或者直接起诉。
向人民检察院控告
被害人有权向人民检察院提出控告，请求其监督。人民检察院在接到控告后，会要求公安机关说明不立案的理由，并据此判断立案程序是否合法。若发现公安机关不立案理由不成立，人民检察院将通知公安机关立案。
内部调查与处分
立案程序违法后，相关责任人员可能面临内部纪律处分，情节严重的还可能涉及刑事责任。
补救措施
如果立案错误处于侦查阶段，侦查机关应当立即撤销该案的立案；若案件已进入审查起诉阶段，检察机关可以依法签发不起诉决定书；若案件已到审判阶段，法院可以裁定终止审理或宣布被告人无罪。
向地方纪检、监察部门举报
公安机关办案程序违法可以向地方纪检、监察部门进行举报，由上级行政机关或有关部门责令改正，并可以对直接负责的主管人员和其他直接责任人员依法给予行政处分。
通过以上措施，可以有效地维护自身法律权利与利益，确保立案程序的合法性。建议尽早采取行动，以便及时纠正违法的立案程序。